中医孔子学院是在国家汉办的支持下，由南京中医药大学和澳大利亚皇家墨尔本理工（RMIT）大学合作建立的特色孔子学院，于2010年6月20日由时任国家副主席习近平亲自揭牌并投入运作。 中医孔子学院实行理事会领导下的中外方院长共同负责制。澳方理事5人，中方理事4人，理事长采用轮值制度。学院全职工作人员3名（含中方院长1人、中方教师2人），兼职工作人员2名（含外方院长1人、秘书1人）。中医孔子学院的资金主要来源于孔子学院总部的启动经费和项目经费，外方投入主要体现在场地、设施和行政管理。