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南京中医药大学国际合作与交流处、港澳台事务办公室是南京中医药大学国际合作交流、港澳台工作的归口职能部门，主要承担以下职能： 1.负责编制并组织实施学校国际化战略发展总体规划，制定并落实学校外事工作的相关规章制度。 2.负责拓展学校与国（境）外高校、科研机构、国际组织、政府、企业、社会团体等的合作关系，协调全校外事工作，为校内相关单位开展国（境）外合作提供政策指导与渠道支持。 3.负责学校国际合作与交流项目的拓展、布局与管理，协调推进学校重大国际合作项目。 4.负责因公出国（境）的审批与管理，并为因公出国（境）人员办理护照（通行证）和签证（签注）手续。 5.履行世界卫生组织所赋予的 WHO 传统医学合作中心的相关职责；履行孔子学院中方合作院校的相关职责。 6.负责港澳台学生的相关涉外事务和日常管理，处理与港澳台地区合作交流方面的事务。 7.负责外国文教专家的聘任及管理，协助受理外籍专家荣誉学衔的申请和审核。 8.组织开展涉外宣传与报道，协助相关宣传资料的编制和审查；参与规划学校的国际形象宣传。 9.负责对涉外人员进行外事政策和纪律的教育，以及相关知识的培训。 10.完成上级部门和学校交办的其它工作。
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